En 1227 los mongoles derribaron a Xixia. En 1247 Sakya Pandita, líder de la Secta Sagya del budismo tibetano, y Godan, Príncipe mongol, se entrevistaron en Liangzhou (hoy Wuwei en la provincia de Gansu) para decidir someter el Us-Tsang (hoy Lhasa, Xigaze y Ngari del Tíbet) al Kanato mongol y aceptar la concesión de cargos a los jefes de las tribus. En 1271 el Gran Kublai Kan denominó Yuan a su dinastía, y el Us-Tang formó parte del imperio Yuan que había unificado los diversos grupos étnicos y se incorporó al territorio nacional.

Después de culminar la unificación de China, la Corte de Yuan, según la situación real de las zonas tibetanas, adoptó una serie de medidas administrativas que tuvieron influencias trascendentales.

– Se estableció por primera vez el Zongzhi Yuan (Consejo General), órgano central, para administrar los asuntos del Tíbet y su nombre se cambió en 1288 por el de Xuanzheng Yuan (Consejo Político). Habitualmente, el Primer Ministro fungía como presidente ejecutivo del Xuanzheng Yuan de modo concurrente, y un monje nombrado por el Tutor Imperial asumía el puesto de vicepresidente.

– Bonzos y laicos tibetanos fueron designados funcionarios de alto nivel para el poder central y local. En 1260, al subir al trono, el emperador Kublai Kan confirió el título oficial de Tutor de Estado a Pagba, lama tibetano dirigente de la Secta Sagya. En 1270 él fue promovido al Tutor Imperial. Era un cargo oficial de monje más elevado en la historia china, lo cual devino un sistema establecido. Por lo tanto, los organismos administrativos del Us-Tsang obedecían completamente al Gobierno Central en cuanto al nombramiento y destitución de los funcionarios, su promoción y rebaja y premio y castigo.

– El Tíbet fue dividido en zonas administrativas diferentes. El Gobierno Central de Yuan instituyó tres oficinas de comisionado de pacificación de Us (Tíbet anterior), Tsang (Tíbet posterior) y Ngaris Korsum (antiguo Ngari), pertenecientes a la administración de Xuangzheng Yuan; estableció 13 oficinas wanhu (10.000 familias) y varias oficinas qianhu (mil familias), encargadas de recaudar impuestos. En Sagya, capital de Us-Tsang, instituyó un enviado para ayudar a los comisionados a controlar los wanhus.

El Xuanzheng Yuan tenía tres áreas bajo su jurisdicción directa, establecidas especialmente para la administración de las zonas tibetanas. Esta práctica creó los cimientos para la formación de la división de zonas administrativas del Tíbet.