La Revolución de 1911 derrocó el régimen imperial feudal y condujo a la fundación de la República de China en 1912. La Constitución Provisional de la República de China estipulaba claramente: El Tíbet es una de las 22 provincias de la República de China. La Constitución de la República de China promulgada más tarde recalcaba también que el Tíbet era parte inalienable del territorio chino. En julio de 1912, el Gobierno de la República de China estableció el Consejo de Asuntos Mongoles y Tibetanos en calidad de órgano del Gobierno Central a cargo de los asuntos mongoles y tibetanos. En 1914 cambió el nombre por el de Comisión de Asuntos Mongoles y Tibetanos. Nombró entonces el Alto Funcionario encargado de dichos asuntos acreditado en el Tíbet, subordinado directamente al Primer Ministro del Consejo de Estado, ejecutando la misma función de Alto Comisionado de la dinastía Qing. Poco después de la fundación del Gobierno Nacional en Nanjing, su capital, el Gobierno Nacional anunció en 1929 oficialmente el establecimiento de la Comisión Encargada de los Asuntos Mongoles y Tibetanos. En abril de 1940, la Comisión institucionó una oficina en Lhasa como órgano del Gobierno Central en el Tíbet.

Durante el período de la República de China, el gobierno local del Tíbet y el Consejo de Khenpos de Panche presentaron informes ante el Gobierno Central acerca de los importantes acontecimientos como el fallecimiento del Dalai Lama XIII y la reencarnación y entronización del Dalai Lama XIV, el fallecimiento del Panchen IX y la reencarnación y la entronización del Panchen X. En diciembre de 1933, cuando falleció el Dalai Lama XIII, el Gobierno Kashag informó de inmediato al Gobierno Central. En el mismo mes, el Gobierno de Nanjing otorgó al difunto maestro el título honorífico adicional de “Maestro Defensor del País” y envió a Huang Musong, presidente de la Comisión de Asuntos Mongoles y Tibetanos al Tíbet, para manifestar las condolencias por su deceso. En 1938, bajo auspicios del Buda Viviente Razheng, se encontró al niño Lhamo Toinzhub en Qinghai, y se lo acogió como reencarnación del Dalai Lama XIII según los rituales religiosos y precedentes históricos. En 1940, el Gobierno Nacional promulgó el decreto permitiendo especialmente que Lhamo Toinzhub sucediera al Dalai Lama XIII en el cargo del Dalai Lama XIV, sin someterse al sorteo de fichas con urnas de oro, y envió a Wu Zhongxin, presidente de la Comisión de Asuntos Mongoles y Tibetanos, al Tíbet para presidir, junto con el Regente Razheng, la ceremonia de entronización del Dalai Lama XIV. A comienzos de 1949 el Gobierno Nacional mandó a su representante especial para anunciar que Guanbo Cidai había sido escogido como Panchen Erdeni X, y para asistir a las celebraciones en el Monasterio Tar en Qinghai. En agosto, un enviado especial del Gobierno Nacional fue a presidir la ceremonia de entronización del Panchen Erdeni X en Qinghai.

Gran cantidad de los registros de archivos de la República de China demuestran que en su período, cuando se celebraban los Congresos Nacionales, órgano supremo del poder estatal y de discusión de asuntos de importancia nacional, siempre había representantes asistentes del Dalai Lama, el gobierno local y el Panchen, quienes eran elegidos o designados como funcionarios públicos para participar en la administración estatal.