En 1644 la dinastía Qing estableció su capital en Beijing y unificó China. La Corte Qing ejerció su soberanía sobre el Tíbet siguiendo las instrucciones históricas, es decir, si los funcionarios de la dinastía anterior entregaban su sello de Ming y recibían el nuevo otorgado por el Gobierno de Qing, su status permanecía inalterado. En 1652 el Dalai Lama V fue llamado a Beijing para la audiencia del emperador Shunzhi y al año siguiente el Gobierno Central le otorgó el título oficial de "Dalai Lama”, tras lo cual se definió formalmente su posición política y religiosa en el Tíbet. Desde entonces esta fue práctica establecida para todos los Dalai Lamas subsiguientes, cuyos títulos debían ser conferidos por las autoridades centrales.

La dinastía Qing, en su gobierno del Tíbet, hizo importantes y abarcadoras modificaciones sobre la base de las experiencias de administración de las dinastías Yuan y Ming, y de acuerdo con la realidad y los cambios de la situación, a saber:

― Establecer el Alto Comisionado de la Corte de Qing acreditado en el Tíbet y encargado de todos los asuntos locales. Se estipuló de manera explícita que el Alto Comisionado tenía el mismo status que el Dalai Lama y el Panchen Erdeni y supervisaba el gobierno Kashag dirigido por el Dalai Lama. Los Geluns (altos funcionarios del viejo gobierno) y Daibens (coronel) fueron nombrados por el Gobierno Central luego de la solicitud del Dalai Lama y el ministro, quienes tenían derecho a seleccionar funcionarios de rangos inferiores.

― Reajustar los sistemas político y religioso, estableciendo el marco del sistema administrativo y la forma de organización del poder local, tales como la abolición del sistema de rey de prefectura y la creación del gobierno Kashag (gobierno local del viejo Tíbet) encargado de la administración local.

―Conferir títulos de Dalai Lama y Panchen Erdeni, apoyando la consolidación, la fijación y la continuación del status de administración y religión del sistema de reencarnación de estos dos Budas Vivientes. Se determinó que bajo la supervisión y presidencia del ministro acreditado en el Tíbet, se elegían los candidatos a los niños reencarnados del Dalai y el Panchen o el Gran Lama tras el sorteo de fichas con la urna de oro, quienes sucedían el título legalmente previa aprobación del Gobierno Central.

― Definir los principios de la decisión central sobre los asuntos exteriores y la defensa nacional en las fronteras del Tíbet.

― Delimitar las fronteras de la zona administrativa del Tíbet con Qinghai, Sichuan y Yunnan, estipular las jurisdicciones del Dalai Lama y el Panchen Erdeni y dividir las zonas bajo la jurisdicción directa del ministerio.

Durante la Guerra del Opio en 1840, en los frentes antibritánicos de Ningbo y Dabaoshan, en las costas sudorientales, los oficiales y soldados provenientes de Chuan-Gan (hoy Sichuan, Qinghai y Gansu), combatieron heroicamente contra los invasores, causando muchas bajas del enemigo. Al mismo tiempo, las tropas inglesas invadieron en vasta escala Ngari y el oeste del Tíbet. Bajo la orientación del Alto Comisionado, el Dalai Lama XIII y el Panchen Erdeni IX dirigieron conjuntamente los ejércitos y civiles del Tíbet en la lucha contra los agresores británicos.