Qixia es un sitio sagrado del budismo desde las Dinastías del Sur. El Templo Qixia era el principal entre todos los templos. Durante sus visitas al sur del país, los dos emperadores Kangxi y Qianlong de la Dinastía Qing recorrieron respectivamente la montaña. El gobierno local construyó una residencia temporal para Qianlong en el pico central detrás del templo. En los años del 1851 y 1861, el ejército del gobierno de Qing, y el del Reino Celestial Taiping combatieron en este sitio, destruyendo severamente los paisajes naturales y culturales. A finales de Qing y principios de la República de China, el monje Zongyang encabezó el proyecto de construcción.

Después del establecimiento de la Nueva China, el gobierno popular de Nanjing concedió suma importancia a la explotación de los recursos turísticos de la montaña. En 1956, determinó la montaña como un parque de templo y creó la oficina de administración de la montaña. Restauró los templos, quioscos y pabellones, y emprendió la obra de forestación. Dos años después, abrió el parque al público. El 27 de julio de 1963, la oficina de administración firmó un acuerdo con el Templo Qixia, según el cual, el derecho de propiedad del templo pertenecería a la oficina y ésta le daría al templo 7.000 yuanes de subsidios cada año. Durante la “Revolución Cultural”, el templo sirvió como campamento de un equipo de exploración de carbón. No se plantaron nuevos árboles y faltó el cuidado a los ya existentes. La montaña se convirtió desierta y el templo y los quioscos quedaron decaídos.

En 1979, se reinició la restauración del templo y la obra terminó en octubre de 1980. La administración del templo fue transferida a la Asociación de Budismo de China.