Según la historia, el Emperador Amarillo eliminó a Chi y otras fuerzas, además de a los demonios, llenando los valles y arroyos con sus cuerpos, mientras los huesos quedaron apilados formando montañas. En los años siguientes, la sangre se cristalizó dentro de las piedras y los huesos se convirtieron en cenizas, mientras la médula espinal se transformó en manantiales. La sangre que devino piedras rojas son las ágatas.
Sin embargo, el ágata es resultado de un proceso geológico. La lava subterránea que es expulsada por la actividad de la corteza de la Tierra forma piedras cuando se enfría. La lava hidrotermal enfriada es rica en SiO2 solidificado en gel sílice que luego se endurece para llenar los huecos y espacios de las rocas. Cuando esto sucede, se forma el ágata. Normalmente el ágata es translúcida o transparente con una dureza de 6.5-7, una gravedad específica de 2.55-2.91 y un índice de refracción de 1.535-1.539.