Como el principal canal de comunicación para los intercambios culturales y económicos entre el Oriente y Occidente de la antigüedad, Xinjiang ha sido siempre una región con un elevado número de religiones diferentes que han convivido la mayor parte del tiempo de forma pacífica.

Antes de que el Islam fuera introducido en Xinjiang, habitaban ya la región creyentes de otras religiones: zoroastras, budistas, taoístas, maniqueos y nestorianos. Todas estas religiones llegaron a Xinjiang desde distintos puntos a través de la Ruta de la Seda, para fundirse armoniosamente con las creencias locales primitivas. Después de la llegada del Islam, la coexistencia de estas religiones no dejó de estar a la orden del día, uniéndoseles más adelante también el Protestantismo y el Catolicismo.

Los antiguos pobladores de la región creían originalmente en religiones autóctonas muy relacionadas con el Chamanismo, e incluso hoy en día algunos grupos minoritarios continúan manteniendo algunas de estas antiguas creencias y costumbres.

El Zoroastrismo se introdujo en Xinjiang desde Persia alrededor del siglo IV antes de Cristo, y fue particularmente popular en la región de Turpan. El estado de Gaochang, que reinaba durante esa época, quiso reforzar el control sobre esta religión extranjera que veía como un peligro, designando funcionarios para ese fin y creando un órgano especial de consulta y gobierno para tomar decisiones relacionadas con la religión zoroastra.

Aproximadamente en el siglo primero antes de Cristo, el Budismo, de origen indio, se extendió a la región de Xinjiang a través de Cachemira, convirtiéndose muy pronto en la religión principal gracias a la aceptación que encontró entre los gobernantes locales. En su momento álgido de expansión, los templos budistas aparecían como setas en los oasis de la cuenca del Tarim, albergando gran número de monjes y monjas. Tanto Gachang como Yutian, Shule y Qiuci fueron centros importantes del Budismo. En Xinjiang, la cultura budista alcanzó un nivel muy alto, dejando una preciosa herencia cultural de estatuas, pinturas, música, danza, templos y grutas sagradas, enriqueciendo enormemente el legado artístico y la historia de China y del mundo entero.

El Taoísmo fue introducido en la región por los inmigrantes de la etnia han que provenían del interior de China en el siglo V aproximadamente. Se limitó, por lo tanto, a las áreas donde se concentró la inmigración china, principalmente las regiones de Turpan y Hami. No fue hasta la dinastía Qing (1644-1911) cuando el pensamiento taoísta se extendió por todo Xinjiang.

En el siglo VI, el Maniqueísmo llegó a Xinjiang desde Persia. A mediados del siglo IX, cuando los uigures, que eran creyentes maniqueos, se trasladaron al oeste de Xinjiang, promovieron su religión en esta zona, construyendo templos, excavando grutas que decoraron con frescos y estatuas, y traduciendo las escrituras maniqueas.

Al mismo tiempo, el Nestorianismo, una secta del primer Cristianismo, fue introducido en Xinjiang, aunque sin extenderse demasiado durante los primeros tiempos. Sólo se desarrolló cuando un gran número de uigures abrazaron la religión durante la dinastía Yuan (1206-1368).