Respecto al origen del lago de Atitlán, hay dos corrientes de opinión. Una de ellas opina que el lago es un viejo cráter muerto y la otra que el surgimiento de los volcanes interrumpió el curso de los tres ríos que vienen del norte, los cuales, al reunir sus aguas en el lugar, dieron origen al lago. El lago no tiene desagüe visible. Además, se dice que donde está el lago fue una isla que fue el epicentro de la actividad maya en la época Pre-clásica (600 a. C. - 250 d. C.), ya que en esa época los mayas se agrupaban en regiones.

Varias poblaciones que rodean el lago tienen nombres de santos: Santa Catarina Palopó, San Antonio Palopó, San Lucas Tolimán, Santiago Atitlán, San Pedro La Laguna, San Juan La Laguna, San Pablo La Laguna, San Marcos La Laguna, Santa Cruz La Laguna, Panajachel y otros. A estos pueblos se puede viajar desde lanchas que están a la orilla del lago.