Después de la Constituyente fue diputado federal durante seis mandatos, siempre por el PMDB, al ocupar en tres ocasiones la presidencia de la Cámara de Diputados (1997, 1999 y 2009).

Como presidente de la cámara baja asumió en forma interina la presidencia de la República en dos ocasiones, del 27 al 31 de enero de 1998 y el 15 de junio de 1999, ambas bajo el mandato de Fernando Henrique Cardoso, del Partido Social Demócrata Brasileño (PSDB).

En 2001 fue electo presidente nacional del PMDB y, gracias a su iniciativa, el partido formó parte de la base aliada al gobierno del entonces presidente de Brasil, Luiz Inácio Lula da Silva (2003-2010), en el segundo mandato del líder del Partido de los Trabajadores (PT).

En su condición de presidente del mayor partido aliado, Temer fue designado para integrar la fórmula presidencial encabezada por Rousseff, quien obtuvo la victoria en las elecciones generales de 2010.

Durante su primer mandato como vicepresidente, de 2011 a 2014, cumplió funciones importantes al encabezar misiones oficiales a diversos países.

En el segundo mandato, iniciado en enero de 2015, Temer ganó más poder al asumir la articulación política del Ejecutivo con el Congreso de febrero a agosto, sin embargo, luego de desacuerdos políticos con Rousseff, el entonces vicepresidente comenzó a organizar personalmente el apoyo al proceso de "impeachment" de la presidenta.

Como dirigente paciente y conciliador, Temer permaneció aliado tanto al polémico ex presidente de la Cámara de Diputados, Eduardo Cunha, como al presidente del Senado, Renan Calheiros.

Cuando Cunha autorizó el proceso de "impeachment" contra Rousseff, en diciembre pasado, Temer envió una carta a la presidenta para reclamarle que lo sometió a un aislamiento, por lo cual a partir de entonces estaba dispuesto a mantener una relación apenas "institucional".

Temer organizó la salida del PMDB de la coalición gubernamental, lo cual precipitó que los principales partidos opositores, como el Partido Social Demócrata Brasileño (PSDB) y Demócratas (DEM), le dieran apoyo y aceleraran el proceso de "impeachment".