La Fiscalía Popular Suprema tiene 15 departamentos funcionales y el departamento político, el comité del Partido y el buró de cuadros retirados y jubilados (que trabaja en el mismo lugar junto con la oficina de asesoría), además de cinco entidades públicas de subordinación directa.

1) Departamentos funcionales: la oficina general, la división de supervisión de la investigación, la de demanda pública, la de lucha contra el desfalco y el soborno, la de fiscalía del prevaricato y la infracción, la de fiscalía de cárceles, la de fiscalía de casos civiles y administrativos, la de fiscalía de acusaciones (Centro de Delación de la Fiscalía Popular Suprema), la de fiscalía de quejas contra casos penales, la de fiscalía del transporte ferroviario, la de prevención de los delitos en los cargos, la oficina de estudio de leyes y políticas, el buró de inspección, el buró de asuntos exteriores y el de planificación de los asuntos financieros y equipos.

2) El departamento político tiene bajo su subordinación el departamento de cuadros, el de divulgación, el de educación y capacitación de cuadros y la oficina de asuntos.

3) Entidades públicas de subordinación directa: el Centro de Servicio a los Organos, la Editorial del Diario Fiscalía, la Editorial de la Fiscalía China, el Centro de Estudio de la Información de la Tecnología de Fiscalía, el Instituto de Teoría de Fiscalía y el Instituto Estatal de Fiscales.