Algunos grupos han propuesto que los homínidos de Flores, los cuales tendrían una altura de 1 metro como adultos, representaron a una especie distinta llamada Homo floresiensis. Otros sostienen que eran pequeños por deficiencias en la nutrición, defectos genéticos o porque eran parecidos a los pigmeos, enanos u otros tipos de Homo sapiens más bajos.

Lee Berger de la Universidad de Witwatersrand en Johannesburg, Sudáfrica, y compañeros, mencionaron que no pueden explicar a los esqueletos de Flores, pero indicaron que encontraron a algunas ruinas parecidas en Palau, una de las islas de Micronesia.