La taifa pasó posteriormente, por cesión y no por conquista, a la familia cristiana de linaje navarro de los Azagra, que mantuvieron de facto la independencia de Castilla y de Aragón desde 1170, llegando a crear un obispado propio. También el poderoso linaje de Lara ejerció su soberanía sobre Albarracín. Tras el fracaso de conquista por parte de Jaime I en 1220, es Pedro III de Aragón quien la conquistó en 1285 tras sitiarla, pasando definitivamente a la Corona de Aragón en 1300. Esta serie de hechos políticos tuvieron como base la importancia de la fortaleza y del sistema defensivo de Albarracín.