En 373 a. C. fue destruida por un terremoto, pero fue reconstruida.

En 357 a. C. los focidios fueron sentenciados por el consejo anfictiónico a pagar una gran multa por haber cultivado parte de la llanura sagrada de Cirra. El jefe focidio Filomelo, convenció a sus compatriotas para completar el supuesto sacrilegio ocupando el templo de Delfos; Filomelo, llevó a término la conquista y se apoderó de todos los tesoros. Eso originó la guerra sagrada. Primero, los focidios no querían utilizar los tesoros, pero después, bajo presión de tebanos y locrios, convirtieron los tesoros en dinero para pagar a los soldados. Filipo II de Macedonia, general del consejo anfictiónico, ganó la guerra y devolvió el templo a la anfictionía (346 a. C.), con los tesoros que quedaban. Los focidios fueron sentenciados a devolver los tesoros (unos 10.000 talentos) con pagos anuales, pero los focidios eran demasiado pobres para poder pagar una cantidad tan grande.